Pendore Bağları’nın doğusu ve kuzey-doğusu üçüncü jeolojik zaman sonunda meydana gelen faylarla beliren volkanik dağlarla çevrilidir. Tamamen kuru tarımlar işlenen bağlar farklı toprak yapılarını da bir araya getirmektedir. Yapısı değişken olan toprakların bir kısmı volkanik kökenli, bir kısmı killi-tınlı, bir diğer kısmı ise killi-kumlu ve kalkerlidir.

Bağların içerisinde yapılan gezide, toprak renginin kahvenin açık tonlarından koyu tonlarına doğru değişiminin çıplak gözle görülebildiği bu toprak farklılıkları, şaraplarda tat zenginliğini ortaya çıkarmaktadır. Tüm bu sebeplerden dolayı Pendore Bağları, iklim ve toprak yapısı da göz önüne alınarak küçük parsellere ayrılmıştır ve her parsel üretim süresince Pendore üretim tesislerinde ayrı ayrı işlenmektedir.